נולד בעיר איבניץ למשפחת רבנים מתנגדים מיוחסת. אביו, ר' מנחם זונדל (בן שלמה), היה רב העיר. אמו, גיטל,[3] הייתה בתו של הרב אליעזר שפירא, אב בית דין ורב העיר לובץ'. סבו הרב אליעזר שפירא היה בנו של הרב אריה לייב שפירא (וילנה), אב"ד וילנה בתקופת הגר"א, מחבר הספרים "נחלת אריאל" ו"מעון אריות" על מסכת סופרים.
אביו נפטר בהיותו בן שמונה והוא גדל בבית סבו בלובץ', ואימץ את שם משפחת הסב. בצעירותו למד אצל ר' מנשה מאיליה ונחשב תלמידו המובהק. נמנה עם קבוצת התלמידים הראשונה של ישיבת וולוז'ין והיה מגדולי תלמידיו של ר' חיים מוולוז'ין.
בשנת תקע"ה (1815), בגיל פחות משלושים, נתמנה כרב בעיירה ואשילישוק. בשנת תקע"ז (1817) התמנה כרב באיליה, כעבור מספר שנים התמנה כרבה של סמרגון, לאחר שרבו ר' מנשה ויתר על רבנות העיר עבורו. שם ישב כשתים עשרה שנה, ולאחריה כיהן כרב בקלווריה. בשנת תר"ט1849 התמנה לרבה של קובנה, ושימש בה ברבנות עד מותו בשנת תרי"ג (1853). בתקופה זו התפרסם שמו והוא נחשב אחד מגדולי הרבנים שהנהיגו את היהדות החרדית בליטא.
התנגדותו לתנועת המוסר
בתקופת כהונתו של הרב שפירא ברבנות קובנה החלה להתפתח תנועת המוסר, שמחוללה היה הרב ישראל ליפקין מסלנט (ר' ישראל סלנטר), תלמידו המובהק של הרב יוסף זונדל מסלנט. בראש ההתנגדות לשיטת המוסר ולפעולותיו של ר' ישראל עמד ר' אריה לייב ועמו הרב מרדכי אליאשברג (רבה של בויסק בלטביה, קודמו של הרב קוק) ורבנים נוספים. ההתנגדות לשיטת המוסר באה לידי ביטוי במאבק תעמולתי. לדעתו של אטקס: ”ברור כי ההתנגדות לא הופנתה כלפי עצם תביעתו של ר' ישראל לטיפוח ה'יראה', אלא כנגד העובדה שערך ה'יראה' הפך למוקד אשר מסביבו צומחת התלכדות חברתית חדשה”.[4]
בסוף שנות ה-40 של המאה ה-19 התיישב בקובנה ר' ישראל סלנטר מייסד תנועת המוסר. לפי המסופר, ה"מרא דאתרא" הרב שפירא לא התנגד לכך עקרונית, אולם התנה את המהלך בהסכמתו של הרב סלנטר לקבל על עצמו אחריות רבנית בקהילה (ולא להגיע לעיר כאדם פרטי), בנימוק "שאפילו הגאון היותר גדול והצדיק היותר נשגב לא יוכל לעמד על דעתו של המשועבד להורות לרבים, ולדעת צרת נפשו, כדי לדון אותו לכף זכות".[5] ואכן כך היה.[6]
עיזבונו התורני
הרב אריה לייב שפירא לא הניח אחריו חידושי תורה בכתובים. תשובה יחידה ממנו נדפסה בסוף שו"ת בית לוי מאת בנו.[7] הלכה בשמו מצטט ר' ישראל מאיר הכהן מראדין בספרו "משנה ברורה".
'שפירא, ר' זלמן־סנדר ב"ר יעקב', בתוך: דב ליפץ (מרכז המערכת), נתן גורן [ואחרים] (מערכת), יהדות ליטא, כרך ג, ספר א: "אישים", תל אביב: עם הספר, תשכ"ז, עמ' 101 (ספר יזכור לקהילת ליטא, בספריית העיר ניו יורק, תמונה 1299).