כיום הכפר קולט ילדים מכל רחבי העולם מכיתות ז'- יב'. אלוני יצחק הוא פנימייה, אך לומדים בה גם תלמידי חוץ שחוזרים לביתם כל יום. בפנימייה כ-300 תלמידים מכל רחבי הארץ, ועוד כ-200 תלמידי חוץ, תושבי הסביבה הקרובה. 77.7% של בוגרי 2016 זכאים לבגרות.
הפנימייה קולטת נוער מהתפוצות, בתוכניות שונות של משרד החינוך, בהן הכרת הארץ ולימוד עברית.
