ווקוביץ' התחיל את הקריירה שלו בזטה. כבר בעונתו הראשונה הפך לשחקן מפתח וסיים את העונה עם הקבוצה במקום ה-3 של ליגת העל של סרביה ומונטנגרו שנחשב להישג הגדול ביותר של הקבוצה עד אז. בקיץ 2006 חתם בבודוצ'נוסט פודגוריצה עימה זכה באליפות בתום עונת 2007/2008 אך בעונה זו לא כבש ב-16 משחקים בהם שותף. בשלוש העונות שלאחר מכן, היה מלך השערים של הקבוצה בכל עונה ובעונת 2010/2011 של הליגה כולה עם 20 שערים.