קונטה החל את הקריירה שלו בקבוצת הילדים של גנט. ב-23 בינואר2010 ערך את הופעת הבכורה שלו בקבוצה הבוגרת, בתיקו 0-0 מול וסטרלו. ב-20 בנובמבר 2010 הבקיע את שער הבכורה שלו בקריירה, בתיקו 4-4 נגד וסטרלו.
בקיץ 2019 עזב לראשונה את בלגיה וחתם בברואה סטארה זאגורה מליגת העל הבולגרית. בעונתו הראשונה במועדון רשם את עונת השיא שלו בקריירה כאשר כבש שבעה שערים ב-24 משחקים.