האוניברסיטה מאורגנת בשלושה קולג'ים: מדעי הרוח והחברה, רפואה ומדעי החיים, מדעים מדויקים. כל אחד מהקולג'ים מחולק לבתי ספר ומכוני מחקר. בין בתי הספר באוניברסיטה נכללים בית הספר למנהל עסקים, בית הספר לחינוך, בית הספר למשפטים, בית הספר למדעי הרפואה ותזונה, בית הספר לפסיכולוגיה, בית הספר להנדסה, בית הספר למדעי המחשב ועוד[2].
באוניברסיטת אברדין מתקיים מחקר בתחומים שונים ופועלים בה מגוון מרכזים ומכוני מחקר. בין תחומי המחקר נכללים מדעים, רפואה, הנדסה, שפות, מדעי הרוח וכן מחקרים בינתחומיים[3].
לאורך השנים הגיעו חוקרי האוניברסיטה להישגים שונים, בהם פיתוחים בתחום הטיפול במחלת הסוכרת באמצעות אינסולין, חקר הארכאולוגיה של סקוטלנד והקמת מוזיאון לארכאולוגיה[4]. חוקרים מהאוניברסיטה היו שותפים לפיתוח מכשיר ה-MRI הראשון[5]. בשלהי שנות השבעים צוות חוקרים מהאוניברסיטה פיתח את סורק ה-MRI הראשון ובאוגוסט 1980 השתמש הצוות במכשיר זה לביצוע הדמיה רפואית של גופו של חולה שהתמודד עם מחלת הסרטן.
