האגם הגדול ששטחו 273 קילומטרים רבועים משתרע ברובו בשטח מקדוניה ודרומית אליו כשהוא מובדל על ידי רצועת יבשה חולית צרה, מצוי אגם פרספה הקטן ששטחו 48 קילומטרים רבועים, עומקו הממוצע 3 מטרים והוא משתרע בשטח יוון ואלבניה.
אגם פרספה מרוחק כ-10 קילומטרים דרומית מזרחית מאגם אוחריד, מצוי בגובה של 150 מטרים מעליו ובאמצעות מערכת קרסטים מהווה אחד ממקורותיו. באזור האגם שורר אקלים ממוזג וטמפרטורת המים הממוצעת היא 16oc-22oc. בשטח האגם הגדול מצויים שני איים, הגדול מביניהם הוא גולם גראד ושטחו 0.2 קילומטרים רבועים.