Nado en Barakaldo, Biscaia, Joan Ander formouse na canteira do conxunto da súa localidade desde cadete, aínda que antes xa militara nas categorías inferiores do Santutxu e do Athletic Club.[1] No Barakaldo CF xoga até a categoría xuvenil, chegando ao primeiro equipo en 2007. Na seguinte tempada é cedido ao Deusto, onde compaxina a súa angueira como gardameta con axudas ao seu pai, de profesión albanel. Ao volver ao Barakaldo é cada vez máis habitual no once do primeiro equipo, polo que desperta o interese do Athletic Club, onde ficha na tempada 2011-12 tras rematar o seu contrato. As dúas seguintes campañas xoga no filial bilbaíno, o Athletic Club, regresando cedido ao Barakaldo na tempada 2013-14, onde é indiscutible na meta do conxunto. A súa boa tempada fai que na tempada 2014-15 asine co Club Deportivo Lugo da Segunda División.