A fase de gástrula é o resultado dunha drástica reestruturación denominada gastrulación, proceso mediante o que a blástula se converte en gástrula. Na súa iniciación, o embrión (blástula) é unha esfera chea de líquido, cun polo animal e un polo vexetativo. As células do polo vexetativo comezan a dividirse máis rapidamente que as outras e invaxínanse, formando un espazo chamado arquéntero ou intestino primitivo.
Algunhas células sepáranse da parede e migran para o blastocele transformándose en células do mesénquima; estas células divídense formando filamentos que empuxan ao arquéntero para o polo animal. O arquéntero, que até ese momento era un tubo pechado, ábrese para o exterior, formando a boca nos protóstomos e o ano nos deuteróstomos.