A finais do mes de xuño de 1914 Francisco Fernando visitou Bosnia e Hercegovina para observa-lo seu exército e para fundar un museo en Saraxevo. Normalmente nas ocasións oficiais o arquiduque non levaba a súa dona Sofía Chotek, xa que ela proviña dunha familia de posición inferior na corte. O feito de que a súa dona o acompáñase na viaxe foi debido a que a parella celebraba o aniversario do casamento o 1 de xullo.
O día do asasinato, o 28 de xuño, corresponde no calendario xuliano ao día 15 de xuño, día do Vidovdan. Día no que se conmemora patrioticamente en Serbia a derrota dos serbios contra os otománs en 1389.
Bosnia Moza, un grupo de xente nova bosníaca anarquista, estaba equipada con pistolas FN Herstal, modelo 1910 e bombas fornecidas pola Man Negra, sociedade secreta nacionalista serbia que tiña entre os seus membros a oficiais do exército serbio, notablemente o coronel Dragutin Dimitrijevic, xefe da intelixencia militar serbia e líder do golpe que matara o Rei Aleksandar Obrenović once anos antes.
Nota: O curso exacto dos acontecementos nunca foi completamente establecido, de feito parte del foi elaborado a partir de testemuños.
O atentado contra o herdeiro do imperio e a súa dona foi elaborado por sete conspiradores, que tiñan pouca experiencia coas armas. Os feitos comezaron ás 10h, cando Francisco Fernando, a súa dona e comitiva que os acompañaba saíron do campamento militar de Philipovic, onde o Arquiduque pasara revista á tropa. A comitiva estaba composta por sete coches:
No primeiro coche ían: o detective xefe de Saraxevo e tres policías locais.
No segundo coche: Fehim Efendi Curcic, prefeito de Saraxevo; Dr. Edmund Gerde, Comisario de Policía de Saraxevo.
No terceiro coche: Francisco Fernando, a súa dona Sofía, Oskar Potiorek, Gobernador Xeral da Bosnia e Hercegovina e o gardacostas de Francisco Fernando, tenente-coronel Conde Franz von Harrach.
No cuarto coche: o xefe da corte militar de Francisco Fernando, o Barón Carl von Rumerskirch; Wilma Lanyus von Wellenberg, condesa e dama de compañía de Sofía; tenente-coronel Erich Edler von Merizzi, xefe axudante de Potiorek e o tenente-coronel Conde Alexander Boos-Waldeck.
No quinto coche: Adolf Egger, director da fábrica de Fiat en Viena; Major Paul Höger; Coronel Karl Bardolff; Dr. Ferdinand Fischer.
No sexto coche: Barón Andreas von Morsey; Capitán Pilz; outros membros da comitiva de Francisco Fernando e oficiais bosníacos.
No sétimo coche: Major Erich Ritter von Hüttenbrenner; Conde Josef zu Erbach-Fürstenau; tenente Robert Grein.
Ás 10:15h o convoi de coches pasou pola altura do primeiro membro do grupo, Mehmed Mehmedbašić, que se colocara nunha xanela para disparar. O tiro non foi disparado porque, de acordo con Mehmed Mehmedbašić, non había visión clara da comitiva, o que o fixo non disparar e alertar así as autoridades. O segundo membro, Nedeljko Čabrinović, lanzou unha bomba no coche onde estaba Francisco Fernando, mais errou o obxectivo. A explosión destruíu o coche seguinte, ferindo diversos pasaxeiros, policías e a multitude. Daquela Čabrinović enguliu a súa pílula de cianuro e chimpou ao río Miljacka. Con todo, foi retirado vivo del, e linchado pola multitude até ser levado pola policía. A súa pílula de cianuro era talvez moi antiga ou era unha dose moi pequena. O río ademais só tiña 10 cm de profundidade e Čabrinović non conseguiu afundirse. Os outros conspiradores fuxiron, probablemente asumindo que Francisco Fernando fora finalmente asasinado.
Ao chegar na prefectura para unha recepción oficial, Francisco Fernando mostrou claros sinais de irritación e estrés, interrompendo un discurso de benvida do prefecto Curcic para protestar "nós viñemos aquí e as persoas guíndannos bombas". Acalmado, a recepción continuou de forma tensa, mais sen incidentes. Oficiais e membros da comitiva entón discutirán sobre como evitar novas tentativas de atentados, sen chegar a unha conclusión coherente. Unha suxestión de que as tropas que estaban no lado de fóra da cidade fosen mandadas ás rúas foi rexeitada polo feito de que estas non estaban cos uniformes axeitados.
Placa lembrando o acontecemento no lugar do asasinato.
Trala recepción Francisco Fernando decidiu ir ao hospital para visitar as vítimas da explosión. Gavrilo Princip fora a unha tenda de alimentos, e viu o coche de Francisco Fernando volvendo tras ir polo camiño errado. O condutor, Leopold Loyka, non fora avisado da mudanza de ruta que tiña un camiño que o levaría para a saída da cidade. Princip entón disparou cunha pistola semi-automática FN Herstal modelo 1910 de calibre 7.65×17 mm (.32 ACP, número de serial 19074). A primeira bala perforou o vehículo e acertou Sofia no abdome, e a segunda o pescozo de Francisco Fernando. Princip máis tarde afirmaría que súa intención era matar o Gobernador Xeral Potiorek e non Sofia.
Princip entón tentouse matar, primeiro con cianuro e despois coa súa arma, mais vomitou a pílula e a súa arma foille tirada das mans antes de que a puidese tirar.
