Linschoten wurdt foar it earst neamd yn 1172 as Lindescote, in gearfoechsel fan Linde (de namme fan in rivierke) en scote (in stik lân dat boppe it leechlân útkomt). Hoewol't der yn 1270 pas foar it earst in fermelding is fan in fersterke Hûs te Linschoten, wie dat der grif ek al yn 1172.
Yn 1857 waarden Achthoven, Linschoten en Wulverhorst gearfoege ta ien gemeente. Op 1 jannewaris 1989 waarden Linschoten, Willeskop en Montfoort gearfoege ta de gemeente Montfoort.