Hy wie de tredde soan fan Gustaf Wasa dy't kening fan Sweden waard, opfolger fan kening Sigismund, in soan fan syn broer Jehan Wasa.
Syn heit joech him it hartochdom Södermanlân, mar hy naam it earst nei de delfal fan syn styfbroer Erik XIV fan Sweden yn 1569 feitlik yn besit. Karel wie de wiere oanfierder fan de opstân tsjin kening Erik XIV mar koe net goed mei syn broer Johan, dy't Erik opfolgje soe. Karel wie in oertsjûge kalvinist, mar doe't Johan III yn 1592 stoar, waard er opfolge troch syn soan, de katolikeSigismund, dy't al kening fan Poalen wie. Karel waard de lieder fan de protestantske opposysje yn Sweden. Yn 1595 waard Karel fanwege de Ryksdei oansteld as regint en de reaksjonêre en katolike Sigismund waard lang om let yn 1599 ôfset as kening. Yn 1604 folge Karel him formeel op.
Karel IX hie net in protte súkses mei syn bûtenlânske polityk. Hy fierde kriich tsjin Poalen, it Tsaardom Ruslân en Denemark, mar it smiet net folle op.