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Fondé en juin 2000 en tant que section féminine du Alija Miladin, le club est ensuite une section du SFK 2000 Sarajevo, dont l'équipe masculine disparaît, transformant donc le SFK 2000 en un club de football féminin.
Le club s'impose comme le club bosnien de football féminin du début du XXIe siècle avec quinze titres consécutifs de champions de Bosnie-Herzégovine et douze coupes nationales.
Le ŽNK SFK 2000 Sarajevo participe à quatorze éditions consécutives de la Ligue des champions féminine de l'UEFA. Sa meilleure performance européenne est un seizième de finale en Ligue des champions 2009-2010[2] et en Ligue des champions 2012-2013.
Le club obtient ensuite un partenariat avec le FK Sarajevo.