Élisabeth naît à St Andrews alors que son père est en exil en Angleterre à la suite du Chaseabout Raid, une rébellion contre Marie Stuart.
Le , elle épouse James Stuart, fils de James Stuart, 1er Lord Doune [1]. Le mariage est célébré à Fife en présence de Jacques VI d'Écosse. Certains amis de la famille de son père pensent que le fils de Lord Doune n'a pas un statut suffisant pour l'épouser [2].