L'église est fondée en 1587 par la corporation des cochers qui la fait consacrer à saint François d'Assise. Quelques mois plus tard, les cochers ne peuvent plus se réunir dans cette église et elle est cédée aux franciscains. Ceux-ci à cause du manque d'aumônes reçues des fidèles doivent bientôt la céder à leur tour. En 1588, elle est acquise par un groupe de fidèles locaux qui la remanient en style baroque, grâce à l'aide de leurs confrères de Saint-Matthieu.
À l'époque du vice-roi, sa maison annexe accueille un régiment de soldats espagnols, puis une prison de prostituées.
(it) Vincenzo Regina, Le chiese di Napoli. Viaggio indimenticabile attraverso la storia artistica, architettonica, letteraria, civile e spirituale della Napoli sacra, Newton Compton, coll. « Tradizioni italiane », (EAN9788854188259)
