À l'époque des croisades baltes, le fort de Tarbatu (ou Tharbata, ou Tartu) fut à maintes reprises pris et repris par les Chevaliers Porte-Glaive et les Estes. En 1224, après que des renforts conduits par le prince Vyachko de Kukenois eurent été installés dans la forteresse, elle fut assiégée et conquise une dernière fois par les croisés allemands. Par la suite, connue sous le nom de Dorpat (Tarbatum), Tartu devint pendant la fin du Moyen Âge un centre commercial d'une importance considérable et la capitale de l'évêché de Dorpat.
Il s'agit de l'une des plus anciennes églises de Livonie et d'Estonie[1]. Des recherches archéologiques ont indiqué l'existence d'une église en bois sur le site au XIIe siècle, ce qui est remarquable puisque cela correspond aux balbutiements de la christianisation de la région et place la construction de l'église au même moment que celle de la cathédrale de la ville. Dédiée à Jean le Baptiste, elle fut construite pour abriter le culte catholique.
Un premier édifice en briques a été bâti au XIIIe siècle. Cependant, les parties les plus anciennes du bâtiment actuel datent du XIVe siècle.
L'une des 2 000 figurines en terre cuite de l'église Saint-Jean
Bas-reliefs en terre cuite
La singularité de l'édifice est la présence de nombreuses sculptures[2]. En effet, le gothique de brique se caractérise normalement par l'absence ou la rareté de sculptures. L'église en comptait près d'un millier sous la forme de petites figurines en terre cuite présentes sur le tympan ainsi que les façades extérieures.
Près de 200 d'entre elles nous sont parvenues. Elles ont fait l'objet d'une importante campagne de restauration à la fin des années 1990 soutenue par le Fonds mondial pour les monuments[3].
Les originaux sont désormais exposés à l'intérieur de l'église et des copies ornent le lieu de culte.
Sculptures en terre cuite sur une des façades de l'édifice
Ravagée par le grand incendie de Tartu de 1775 qui s'est déclaré à quelques mètres, il subit une nouvelle rénovation.
Bombardée pendant la Seconde Guerre mondiale par les Soviétiques en 1944, l'église est l'objet d'une importante reconstruction après-guerre pendant seize ans.
