En , il se fait le bras droit de Gilles de Robien, ministre de l'Éducation nationale, face à François Bayrou, dans le débat qui les oppose au sein de l'UDF, relatif au positionnement du parti, à l'indépendance face à l'UMP et à la démocratie au sein du parti. Au sein des instances internes de l'UDF, il est président de la section UDF du 7e arrondissement, dont le secrétaire général est Nicolas Alexandre. En 2006, il se présente à la présidence de la fédération UDF de Paris, face à Marielle de Sarnez qui incarne la « ligne Bayrou ». Il soutient la liste Démocratie pour Paris conduite par Patrick Lozès, qui obtient 28,5 % des voix, ce qui lui donne 58 élus sur 200. Parmi eux figurent Geneviève Bertrand, conseillère de Paris et présidente de la section du 6e arrondissement, Fabienne Gasnier, présidente de celle du 17e et maire-adjointe d'arrondissement, et Catherine Bruno, maire-adjointe du 15e arrondissement, ainsi que Marie d'Assignies et Nicolas Alexandre. La liste L'UDF, un parti libre pour Paris, soutenue par Marielle de Sarnez, remporte ces élections internes.
En 2007, à l'élection présidentielle, il soutient François Bayrou au premier tour, qu'il a parrainé, puis Nicolas Sarkozy. Après les législatives de la même année, avec Hervé Morin, Maurice Leroy et André Santini, il crée le Nouveau Centre, parti de centre droit allié de l'UMP dans la majorité présidentielle, sur la base d'un parti préexistant, le Parti social libéral européen (PSLE). Il prend la tête de la fédération de Paris du Nouveau centre et préside le groupe Nouveau centre et Indépendants au Conseil de Paris, où siègent notamment Geneviève Bertrand et Philippe Lafay. Celle-ci, réélue en 2008, devient présidente de la Commission de la culture.
Il est le président de la Fédération départementale de Paris du Nouveau centre.
En , ce dernier fait liste commune, à Paris, avec l'UMP, malgré des expériences « autonomes », dans les 14e et 18e arrondissements. Yves Pozzo di Borgo figure en quatrième position sur la liste de Rachida Dati, ce qui lui permet de conserver son siège de conseiller de Paris. Il n'arrive à faire reconduire au conseil du 7e arrondissement que René-François Bernard, qui est confirmé en tant qu'adjoint à la maire, Marie d'Assignies, conseillère sortante lui cédant sa place sur la liste. Néanmoins, Yves Pozzo di Borgo parvient presque à doubler le nombre de membres du groupe qu'il présidait au Conseil de Paris depuis un an, qui passe de cinq à neuf membres. Catherine Bruno et Fabienne Gasnier, ses assistantes parlementaires, élues conseillères de Paris, en deviennent membres. Geneviève Bertrand, reconduite, est même élue présidente de Commission, de la même manière que Didier Migaud, député PS, président la Commission des finances de l'Assemblée nationale. Figurent également dans ce groupe Valérie Sachs, du 16e arrondissement, qui dirige un think tank relatif à l'attractivité du Grand Paris, le professeur Christian Saint-Etienne, du 5e arrondissement, et Jean-Marie Cavada, député européen, qui avait conduit la liste UMP et apparentés dans le 12e.
Selon Conspiracy Watch, depuis 2014, Yves Pozzo di Borgo est actif au sein de l'association pro-Kremlin Dialogue franco-russe, aux côtés de Thierry Mariani. L'association Dialogue franco-russe est créée en 2004 sous le patronage de Jacques Chirac et de Vladimir Poutine afin de réunir des responsables politiques et des hommes d’affaires français et russes dans le but affiché de « développer la coopération entre les deux pays ». Elle est qualifiée d'« officine d’influence du Kremlin » et fait partie d'un « lobby » défendant les intérêts de la Russie de Vladimir Poutine[7],[8],[9].
En , il effectue un voyage controversé en Crimée, illégalement annexée par la Russie un an auparavant avec d'autres parlementaires français, dont Thierry Mariani[8]. À cette occasion, il se fait photographier avec un tee-shirt portant le texte «Обама, ты чмо» (Obama, ty chmo, « Obama, tu es un connard »)[10], insultant Barack Obama face à Vladimir Poutine[11]. En 2019, il effectue, avec d'autres élus français, un nouveau voyage en Crimée à l'occasion du cinquième anniversaire du rattachement de ce territoire à la Russie[12].
En 2022, plusieurs médias, parmi lesquels Libération, le qualifient de « relais de la propagande pro-russe en France ». Il participe activement à la propagande de guerre du Kremlin sur l'invasion de l'Ukraine, mettant en doute les crimes de guerre attribués à l'armée russe, comme le massacre de Boutcha, et est repris par l'ambassade de Russie en France, dont il relaye également la désinformation[13],[8]. En mai 2023, il diffuse un faux article du Parisien prétendant que les Ukrainiens désertent en masse, article factice créé dans le cadre de l'opération d'intoxication par des officines russes, dite « opération Doppelgänger »[14].
Dans le contexte de la pandémie de Covid-19, il relaie des fausses nouvelles : en décembre 2021, il prétend que l'aviation mondiale aurait décidé d'interdire le vol des pilotes vaccinés[15] ; il publie sur les réseaux sociaux de nombreuses infox, par exemple, que les vaccins contre le Covid-19 seraient « à l’origine d’une forme de SIDA »[8].
↑ a et b« Thierry Mariani et Yves Pozzo di Borgo visés par une enquête pour corruption en lien avec la Russie », Le Monde.fr, (lire en ligne, consulté le )