Le , à la suite de la démission de Nathalie Normandeau, Jean Charest le nomme ministre responsable des régions du Bas-Saint-Laurent et de la Gaspésie-Îles-de-la-Madeleine[2].
Lors de la formation du gouvernement Couillard en , il est nommé ministre de l'Éducation et ministre de l'Enseignement supérieur.
Rémunérations multiples
En , des médias rapportent que pendant les 19 mois où il a été député dans l'opposition, Yves Bolduc aurait pratiqué la médecine et pris en charge environ 1 500 patients, touchant ainsi environ 215 000 dollars canadiens en incitatif salarial et 151 000 $ en salaire d'omnipraticien en plus de son salaire de député de 89 950 $[3].
Ces révélations suscitent diverses réactions. Ainsi, Claude Castonguay réclame la démission du ministre[4].
Déclarations controversées
En , le ministre Bolduc affirme qu'« il n'y a pas un enfant qui va mourir de ça [ne pas avoir de nouveaux livres] », à propos de l'achat de livres par les commissions scolaires québécoises, proposant que les écoles entrevoient de réduire leurs achats de livres, considérant les compressions budgétaires annoncées par le gouvernement[5]. Il s'excusera quelques jours plus tard pour ces propos[6].
En , le ministre provoque la controverse en affirmant qu'il est acceptable que les écoles procèdent à des fouilles à nu à l'endroit d'élèves qu'elles soupçonnent être en possession de stupéfiants[1].
Démission
Le , Yves Bolduc annonce qu'il quitte la vie politique, quittant du même coup ses postes de ministre de l'Éducation, de ministre de l'Enseignement supérieur et de député de Jean-Talon, tout en acceptant de toucher sa prime de départ de près de 150 000 $[7],[8].