Thomas Roell décida ensuite de vendre les nouvelles versions sous le nom Accelerated-X, les quatre développeurs ont donc décidé de créer un fork de manière à continuer de fournir une implémentation libre.
Le , XFree86 supportait les spécifications de X11R6.5.1, dont notamment GLX et les extensions Render.
La version 4.4, sortie en février 2004, a vu sa licence changée. Ce changement fut très controversé et aboutit à la décision de nombreuses distributions de Linux de migrer vers X.Org (un fork de XFree86, réalisé juste avant le changement de licence).
La dernière modification du code source a eu lieu en 2009 ; le projet est considéré comme inactif depuis 2011[2].
