Son conflit avec Oberwesel remontait à la mise en gage de cette ville d'Empire, dotée de nombreux droits et privilèges, par l'empereur Henri VII en 1309 et finalement en 1312 auprès de son frère, archevêque de Trèves, Baudouin de Luxembourg. En 1389 Werner III, fort de son droit sur la ville, commence un siège qui durera un an. Lorsque les seigneurs de Schönburg se rallient à la cause de Trèves, Wesel reste seul à défendre ses droits : un accord des deux camps conclut la guerre, sans que la ville puisse retrouver son rang de ville d'Empire.
Du fait du conflit, la région a été dévastée, l'État a fait faillite, et Werner III a dû faire face à une forte opposition du chapître cathédral. En 1399, les chanoines demandèrent au pape Boniface IX d'imposer un coadjuteur à leur évêque affaibli, ce qui ne leur fut pas consenti.
Le , il déplace les jours de foires de Mayen, jusque-là aux jours de fêtes mariales, à d'autres dates, entre autres la célèbre Lukasmarkt(de), le dimanche après la Saint-Luc ().
Aux conciles de Pise (1409) et de Constance, il ne joue pas de rôle particulier ; il abandonne le poids de ses fonctions à son futur successeur, le prévôt du chapitre cathédral, Othon de Ziegenheim.
