Courant dans le club amateur de Camel Valley, Wendy Houvenaghel est spécialisée dans le contre-la-montre sur route. Elle remporte les British National Circuit Time Trial series en 2003. En 2005, elle s'impose sur tous les contre-la-montre britanniques auxquels elle prend part. Durant cette saison, elle fait ses débuts sur piste en poursuite et remporte le championnat de Grande-Bretagne de cette discipline, se première compétition sur piste. Elle remporte également la 2005-2006 en poursuite[1].
Elle se consacre dès lors principalement à la piste et conserve son titre en coupe du monde en 2006-2007 et prend la deuxième place du championnat de Grande-Bretagne contre-la-montre. Elle participe pour la première fois aux championnats du monde sur piste, et représente l'Angleterre sur piste et sur route aux Jeux du Commonwealth, avec pour meilleur résultat une cinquième place aux championnats du monde. Elle s'améliore en 2007 en se classant quatrième, puis remporte le titre national du contre-la-montre sur route pour la première fois.
Ses objectifs en 2008 sont les championnats du monde et les Jeux Olympiques[2]. Avec Joanna Rowsell et Rebecca Romero, elle remporte le titre mondial de poursuite par équipes, s'assurant ainsi une sélection pour les Jeux. Elle échoue en revanche à nouveau au pied du en poursuite individuelle.