Waren fut mentionnée dès 150 par le géographe Ptolémée sous le nom de Virunum. En 1292 Waren a obtenu le statut de ville et en 1306 elle a obtenu le droit de pêche sur le lac Müritz. Aux XVIe et XVIIe siècles la ville fut ravagée à plusieurs reprises par des incendies et la guerre de Trente Ans.
En 1806 la ville et ses environs furent le théâtre de batailles qui opposaient le maréchal Blücher aux troupes françaises de Napoléon. À partir de 1936 fut érigée à Waren une usine de fabrication de pièces destinées à l'industrie aéronautique militaire, la Mecklenburgische Metallwarenfabrik (Memefa). Le l'Armée rouge occupa la ville qui s'était rendue sans combattre.
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