La commune se situe dans la vallée fluviale de la Paar, un affluent en rive droite du Danube, sur la bordure occidentale de la région de Hallertau. Waidhofen se trouve à 7 kilomètres à l'est de la ville de Schrobenhausen et à 36 kilomètres au sud-ouest d'Ingolstadt.
En plus du village de Waidhofen propre, le territoire communal comprend également les anciennes municipalités de Diepoltshofen et de Wangen.
Au Moyen Âge tardif, un château de plaine (Wasserburg) se trouvait à proximité de l'endroit où aujourd'hui l'église paroissiale s'élève. L'église elle-même, dont les fondations datent du XIIIe siècle, fut reconstruite dans le style baroque vers 1718.
Au début des Temps Modernes, jusqu'en 1802, Waidhofen abritait un relais de poste géré par la famille princière de Tour et Taxis.
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