En montagne, la végétation change progressivement selon l'altitude, l'exposition au soleil et la situation géographique du massif montagneux. Les Pyrénées constituant une barrière géographique en longitude (la latitude de la chaîne varie peu), leur végétation, c’est-à-dire la façon dont s'organise sa flore, se répartit en fonction des trois critères suivants :
Répartition en latitude (nord-sud)
Le versant sud espagnol est en général plus sec que le versant nord français, car le versant sud est plus exposé au soleil que le versant nord, mais aussi parce qu'il profite d'un effet de Foehn.
Répartition en longitude (est-ouest)
Le climat océanique humide à l'ouest favorise les précipitations et donc l'essor de la végétation à l'ouest. Celui-ci se fait sentir jusqu'en Ariège. À partir de l'Aude, la végétation change et se raréfie sous l'influence d'un climat méditerranéen chaud et sec.
Répartition en altitude
On distingue cinq « étages » ou écosystèmes successifs, avec pour chacun un paysage et une végétation caractéristique.
Étage des vallées et des collines pré-pyrénéennes, dit étage collinéen, dont la limite supérieure est à 800 m d'altitude.
Étage de la petite montagne, dit étage montagnard, dont les limites vont de 800 m à 1 400–1 700 m d'altitude.
Étage de la moyenne montagne et des alpages d'altitude, dit étage subalpin, dont les limites vont de 1 400–1 700 m à 1 800–2 400 m d'altitude.
Étage de la haute-montagne, dit étage alpin, dont les limites vont de 1 800–2 400 m à 3 000 m d'altitude, à la limite des neiges éternelles.
Étage des neiges éternelles, dit étage nival, dès les premières neiges éternelles, au-dessus de 3 000 m d'altitude.