1 Compétitions officielles nationales et internationales senior, incluant le parcours amateur et en équipe réserve. Dernière mise à jour : 31 janvier 2023
Né à Araruna, Vágner rejoint à 15 ans le Clube Atlético Paranaense et y termine sa formation. Malgré plusieurs apparitions dans le groupe professionnel, Vágner n'a jamais disputé de rencontres en championnat du Brésil.
Libéré en 2009, Vágner rejoint par la suite les formations plus modestes d'Ituano Futebol Clube et du Desportivo Brasil. En , toujours sous contrat avec ce club, il est prêté au club portugais du GD Estoril Praia. Durant sa deuxième saison complète avec ce club, il compte 28 apparitions et aide son équipe à revenir en Primeira Liga après sept ans en Division 2[1]. Sous la direction de l'entraîneur Marco Silva, Vágner est un titulaire incontesté de 2012 à 2014. Les Canaris se qualifient deux fois consécutivement pour la Ligue Europa durant cette période.