A la fin de son noviciat, en 1866 il prononce ses premiers vœux religieux. L'année suivante il est nommé professeur de grammaire et de rhétorique à l'école San Felipe Neri de Riobamba. De 1892 à sa mort, il occupera la fonction de recteur de l'école. Les témoignages le décrivent comme un homme humble et profond, ne cherchant pas la notoriété, mais toujours soucieux de bien faire son travail, au service des jeunes qui lui étaient confiés.
Le martyre
En 1895, la révolution libérale éclate en Équateur, marquée notamment par la haine contre le clergé. Le 2 mai, les miliciens libéraux encerclent le collège San Felipe Neri, y tenant en otage les pères jésuites. Victor Emilio Moscoso apprend cet évènement alors qu'il est en déplacement. Il se rend immédiatement au collège, se faisant volontairement otage des miliciens, par souci de ne pas abandonner ses frères prêtres dont il a la responsabilité. Après une nuit sans électricité ni vivres, le collège est libéré le lendemain sous la pression populaire.
Toutefois, le 4 mai, les troupes libérales reviennent à la charge et prennent d'assaut le collège. Après avoir exécuté du personnel, ils vandalisent la chapelle et profanent le Saint Sacrement. Ils tirent sur les hosties consacrées et les piétinent. Ils s'enivrent en se servant des calices et parodient les prêtres prêchant.
Le Père Moscoso, à genoux devant le crucifix de sa chambre, récite son chapelet en attendant la mort. Lorsque les révolutionnaires font irruption dans sa cellule, il ne montre pas de résistance, et se laisse tuer par deux balles à bout portant. Les meurtriers profanent son corps, échangent son chapelet encore à ses mains par un fusil. Puis ils traînèrent son cadavre dans la rue avec beaucoup de violence.
