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En juin 2006, il fait partie des coureurs cités dans l'affaire Puerto. Il est blanchi le mois suivant par la justice espagnole, comme plusieurs de ses coéquipiers[1]. Cette affaire est cependant fatale à l'équipe Comunidad Valenciana qui disparaît en fin de saison. Vicente Ballester rejoint alors l'équipe continentaleFuerteventura-Canarias l'année suivante.
