Václav Luks commence sa formation musicale au conservatoire de Pilsen dans des classes de cor et de piano, et après ses études à l'Académie de Prague, il obtient un poste de corniste à la radio de la tchéquie occidentale, et de 1989 à 1991 au Théâtre national de Prague. À partir de 1992, il reprend ses études à la Schola Cantorum de Bâle dans la classe de clavecin de Jörg-Andreas Bötticher(de), et dans la classe de basse continue de Jesper Bøje Christensen(de) et en 1997, il obtient son diplôme de soliste. De 1996 à 1999, il enseigne la basse continue à l'Académie de Prague et de 2001 à 2003 il était chargé de cours à l’École supérieure de musique de Leipzig. Depuis 2013 il enseigne la direction chorale à la Hochschule für Musik Carl Maria von Weber à Drèsde. Luks est membre du jury de plusieurs compétitions de musique ancienne, comme la « Schmelzer-Wettbewerb Melk ».
En 1990, il fonde à Prague l'orchestre baroque Collegium 1704, qui comprend à partir de 2005 et jusqu'à aujourd'hui une structure professionnelle qu'est la « Collegium vocale 1704 », créée dans le même temps, et qui rend possible d'interpréter de grandes œuvres vocales comme les Passions de Bach.
