Bakusen naît sur l'île de Sado située dans la préfecture de Niigata au sein d'une famille riche et influente. Son frère cadet est le philosophe Tsuchida Kyōson (1891-1934). Adolescent, son père le dirige vers la carrière de prêtre bouddhiste mais il fuit le temple où il est apprenti dans le but d'étudier l'art à la place. Il est accepté comme élève par le peintre Takeuchi Seihō et plus tard étudie à la Kyoto Kaiga Senmon Gakko (moderne université municipale des Arts de Kyoto) dont il est diplômé en 1911.
En 1918, Bakusen fonde un collectif de peinture avec Kagaku Murakami, Ono Chikkyō, Sakakibara Shihō et Nonagase Banka, appelé la société Kokuga (Kokuga Sōsaku Kyōkai, ou « Société pour la création de la peinture nationale »), utilisée comme un moyen de diffusion du style éclectique du groupe combinant les techniques et les styles occidentaux yōga et japonais (nihonga). Ses thèmes favoris sont les femmes (bijinga), en particulier les portraits de maikos, mais il peint également des fleurs et des natures mortes. En 1918 la société Kokuga met sur pied sa propre exposition annuelle, la Kokuten (abréviation pour Kokuga Sōsaku Kyōkai Tenrankai) en concurrence avec les expositions Bünten de plus en plus restrictives. Sept expositions Kokuten sont organisées entre 1918 et 1928.
En 1921, la Société Kokuga fait une pause pendant que Bakusen voyage en Europe en compagnie d'Ono Chikkyō pour visiter les musées d'art occidental. Ils reviennent après un peu plus d'un an et les activités de la société reprennent en 1923. Kokuga Bakusen aime particulièrement l'impressionnisme français et le post-impressionnisme, en particulier les œuvres de Paul Gauguin, Vincent van Gogh et Paul Cézanne et rassemble plusieurs de leurs œuvres tandis qu'il est en Europe. La Société Kokuga se dissout en 1928 en raison de difficultés financières et de désaccords internes. En 1934, Bakusen est nommé à la Teikoku Bijutsuin (Académie impériale des arts). Il meurt en d'un cancer du pancréas. Sa tombe se trouve au temple Chishaku-in à Kyoto.