Tommy Amaker devient en 1988 entraîneur adjoint des Blue Devils de Duke, poste qu'il occupe durant neuf saisons, avant de rejoindre les Seton Hall Pirates en tant qu'entraîneur en 1997. En 2001, il devient entraîneur de l'équipe des Michigan Wolverines. Depuis 2007, il dirige l'équipe de basket-ball de Harvard.