Le club est fondé le [2]. Durant sa période amateure, le Tombense se démarque en remportant le championnat Zona da Mata Mineira en 1935, face au Tupi de Juiz de Fora.
En 1999, la société Brazil Soccer commence à diriger le Tombense pour le professionnaliser et améliorer les équipements.
En 2021, l'équipe est finaliste pour le titre de Serie C, en tant que vice-champion elle est promue la première fois en deuxième division. Pour sa première saison au deuxième échelon le club arrive à se maintenir avec une 15e place.
Rivalité
Le Tombense entretient principalement des rivalités deux autres équipes de la région, à savoir le Boa Esporte et le Tupi.
Stades
Le club joue ses matchs à domicile au Stade Antônio Guimarães de Almeida, surnommé l'Almeidão et doté de 3 050 places. Il utilise également le stade Soares de Azevedo, à Muriaé, avec une capacité de 13 971 places car son stade ne répond pas aux critères de la Serie B[4].
