Il fut sultan d'Oman du à sa mort. Thuwaini est né à Oman et n'a jamais visité Zanzibar. Lorsque son père était absent à Zanzibar, Thuwaini était son représentant à Oman.
Thuwaini était marié à sa cousine Ralie (Sayyida Ghaliya bint Salim Al-Busaidiyah), fille du frère aîné de son père, Salim Ibn Sultan. Ils ont eu plusieurs enfants.
Après la mort de Saïd bin Sultan à Zanzibar en 1856, Thuwaini devint sultan de Mascate et d'Oman, tandis que son frère, le sixième fils, Majid, prit le pouvoir sur Zanzibar. Grâce à la médiation britannique, il a été convenu que Majid devrait rendre un hommage annuel à Oman. Cependant, Majid a rendu cet hommage quelques années seulement, et quand il s'est arrêté, Thuwaini n'était pas en mesure de faire exécuter le paiement de Zanzibar, beaucoup plus riche. Cela a laissé Muscat et Oman dans une situation financière difficile. Thuwaini a été contraint de percevoir des droits sur divers articles, créant un mécontentement. En 1866, il aurait été tué par son propre fils, Sayyid Salim bin Thuwaini.
L'érudit et voyageur arabiste William Gifford Palgrave raconte comment, lorsqu'ils furent naufragés en sur l'île de Sowadah juste au large d'Oman, ils furent très bien accueillis et traités par Thuwaini.
