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Il quitte ce poste pour prendre la cure de la ville des Trois-Rivières en 1835, avec le titre de vicaire général.
Nommé évêque du nouveau diocèse de Trois-Rivières le par un bref de Pie IX, il est consacré sous ce titre dans l'église paroissiale des Trois-Rivières le , par l'archevêque de Québec Pierre-Flavien Turgeon, assisté des évêques de Montréal[Qui ?] et de Tloa, Charles-François Baillargeon, coadjuteur de l'archevêque de Québec, et prend, le même jour, possession solennelle de son évêché.
Monseigneur Thomas Cooke est le fondateur du Collège des Trois-Rivières. Il a été aidé par Joseph Edouard Turcotte, alors maire de Trois-Rivières. Le collège ouvre ses portes au mois de septembre en1860[1].
↑Louis Richard, Histoire du College des Trois-Rivières. Première période. De 1860 à 1874., Trois-Rivières, P.V Ayotte et cie, , 521 p., p. 27 à 41
Bibliographie
Hervé Biron. Grandeurs et misères de l'Église trifluvienne (1615-1947), Trois-Rivières, Les Éditions trifluviennes, 1947, 245 pages.
René Hardy, Contrôle social et mutation de la culture religieuse au Québec, 1830-1930, Montréal, Boréal, , 284 p. (ISBN2-89052-964-9)
Georges Panneton et Antonio Magnan sr. Le diocèse de Trois-Rivières 1852-1952, Biographies sacerdotales, organisation diocésaine, notes historiques, Trois-Rivières, Éditions du Bien Public, 1953, 381 pages. (Revu et augmenté en 1962)
Georges Panneton et Antonio Magnan sr. Le diocèse de Trois-Rivières 1962, Biographies sacerdotales, L'organisation diocésaine, Les paroisses et les curés, Les instituts religieux, Les prêtres défunts, Notes historiques - Histoire du diocèse, Les vocations sacerdotales et missionnaires, Trois-Rivières, Les Éditions du Bien Public, 1962, 517 pages.
Jean Panneton, Le diocèse de Trois-Rivières, 1852-2002 : 150 ans d'espérance, Sillery, Québec, Septentrion, , 259 p. (ISBN2-89448-336-8, lire en ligne)