Sa première expérience d'entraîneur fut la sélection japonaise. Il est le premier sélectionneur nippon à amener le Japon en phase finale d'une coupe du monde de football, celle de 1998, mais le Japon est éliminé au premier tour.
Il entraîna ensuite pendant deux saisons, Consadole Sapporo, avec qui il remporta une J-League 2 en 2000. Puis il entraîna Yokohama F. Marinos pendant trois saisons. Il remporta deux J-League (2003 et 2004) et fut récompensé en 2003 et en 2004 du titre de Meilleur entraîneur de la J-League.
Il succède à Ivica Osim en décembre 2007, à la suite d'une attaque cardiaque du Bosniaque. Il réussit à qualifier le Japon pour la Coupe du monde de football 2010 mais en démissionne après que son équipe ait atteint les huitièmes de finale.
En , il devient propriétaire et entraîneur du FC Imabari, évoluant dans la division régionale de Shikoku (cinquième division)[2].
En 2016, il devient co-actionnaire majoritaire du Portimonense Sporting Clube, initiant une stratégie sportive et commerciale fondée entre autres sur des partenariats entre le club de Portimão et des clubs japonais[3].