D’origine basque, Sylvain Jonnet a débuté le rugby à Savigny-sur-Orge en région parisienne. Il passe ses années minimes et cadets à Massy avant de rejoindre le Stade français en junior Reichel puis en équipe fanion. Il quitte Paris pour le Béarn (un an à Pau), puis cinq mois à Mont-de-Marsan (licence bloquée). Il part ensuite au Pays basque (deux ans à Bayonne) avant de rejoindre Montauban en 2005.
Il peut jouer à l’arrière ou à l’aile. Ses qualités de sprinteur et de relanceur lui ont valu d’être sélectionné au sein de l’équipe de France de rugby à sept et il a notamment remporté le tournoi de Paris lors des IRB Sevens World Series 2006.