Stéphane Saint-André est le fils de Jean Saint-André, conseiller général (PS) du Pas-De-Calais de 1976 à 2001 et maire de Saint-Omer de 1977 à 1983[2]. Son beau-père, Jean Vanrullen, fut président national des délégués départementaux de l’Éducation nationale[3]. Il est d’ailleurs lui-même délégué départemental de l’Éducation nationale depuis 2004[4].
En 2014, il est nommé président de Voies Navigables de France (VNF) par décret présidentiel à la suite du Conseil des Ministres (JO du 13 juin 2014)[7]. C’est sous son mandat que le projet du Canal Seine Nord est acté. Avec le Président de la République, François Hollande, il officialise la création de la société de projet chargée de réaliser le canal[8]. Il annonce en janvier 2019 ne pas briguer un second mandat à la tête de VNF[9].
Stéphane Saint-André est auteur du livre Votre fils qui vous aime, sur l'histoire de sa famille et sur la vie quotidienne en Gironde au début du siècle dernier (éditions LACOUR)[12].