Entre 1861 et 1865, Jovanovič est le consul de l'Autriche-Hongrie à Sarajevo. Grâce à ses connaissances sur la Bosnie, l'Herzégovine, le Monténégro et du Krivošije (région proche de Kotor) il est rappelé dans l'armée 1865 comme colonel. En 1866, durant la guerre austro-prussienne il bataille en Italie sous l'archiduc Albert de Teschen. Durant les révoltes du sud de la Dalmatie en 1869, il commande une brigade de Gebirgsjäger (sorte de chasseurs alpins de l'armée austro-hongroise) à Kotor. Il essaye de mater la rébellion mais sans succès.
En 1875, il obtient le tire de noblesse de Freiherr et l'année suivante il est nommé Generalfeldmarschall (Maréchal).
En 1877, il commande la 18e division à Split, il commande ensuite l'occupation de l'Herzégovine par l'Autriche-Hongrie. Il finit comme gouverneur de Dalmatie et responsable militaire de Zadar.
