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Stefano Zanatta devient professionnel en 1986 et le reste jusqu'en 1995. Il remporte une victoire professionnelle au cours de sa carrière.
Après avoir quitté le peloton en tant que coureur, Stefano Zanatta revient en tant que directeur sportif dans l'encadrement d'Aki en 1997, Vini Caldirola en 1998, Fassa Bortolo de 2002 à 2004, puis de l'équipe Liquigas-Bianchi depuis 2005.