Il adhère à l'UDC en 1995 et devient membre du comité cantonal du parti en 1999, puis de celui de l'UDC suisse en 2000[5]. Il est élu au Conseil d'État du canton de Saint-Gall le 4 mai 2008 alors qu'il n'a exercé aucun mandat électif jusqu'ici. Il est le premier UDC à siéger au gouvernement cantonal saint-gallois[6], où il prend la tête du département de l'instruction publique[7]. Il préside le gouvernement en 2013-14 et 2018-19[8]. En 2020 il est une nouvelle fois réélu au Conseil d'État[9].
En 2010, le Conseil de l'éducation saint-gallois qu'il préside recommande aux communes d’interdire le port du foulard islamique et de tout autre couvre-chef à l'école[10].
↑ a et b(de) Stefan Kölliker, « Persönlich », sur Regierungsrat Stefan Kölliker (consulté le )
↑ ab et c(de) Peter Ackermann, « « Une minorité statistiquement ? Ça m’était égal, je voulais vivre » », Aspect - Magazine des donateurs de la Ligue contre le cancer, , p. 8-9 (lire en ligne)
↑(de) Stefan Kölliker, « Profil », sur Regierungsrat Stefan Kölliker (consulté le )
↑Anne Fournier, « Incarnée par un novice, l'UDC entre au gouvernement saint-gallois », Le Temps, (ISSN1423-3967, lire en ligne, consulté le )