En 2379, tous les membres du sénat impérial romulien, réunis dans leur rotonde, sont assassinés par un rayonnement qui les transforme en pierre.
En Alaska, Deanna Troi et William Riker se marient en présence du capitaine Jean-Luc Picard et de ses collègues officiers. Une fois la première partie des réjouissances terminée, l'Enterprise NCC-1701-E fait route vers Betazed, où doit se dérouler la suite des festivités. Mais durant ce voyage, le vaisseau détecte un signal positronique multiple émis sur la planète Kolarus III. Parvenu sur place, le capitaine Picard découvre les éléments d'un androïde de type Soong, qui s'avère un prototype antérieur à la création de Data et qui porte d'ailleurs le nom de Proto[1].
De retour à bord de son navire, le capitaine Picard reçoit un message prioritaire de Starfleet qui le contraint à se rendre sur Romulus pour négocier les termes d'un nouveau traité avec Shinzon, le nouveau prêteur romulano-rémien.
L'Enterprise change donc une nouvelle fois de cap pour gagner l'espace romulien, où un vaisseau ne tarde pas à se désocculter. Il s'agit du Cimeterre, nouveau fer de lance de la flotte impériale grâce auquel Shinzon a achevé d'asseoir son pouvoir sur les Romuliens.
Le capitaine Picard et ses principaux coéquipiers se téléportent à bord afin de répondre à l'invitation du vice-roi rémien (lui-même aux ordres de Shinzon), pour découvrir que le nouveau préteur est un humain. Il s'agit en fait du clone de Picard, que les Romuliens avaient initialement prévu de substituer au véritable capitaine de Starfleet afin de saper la Fédération de l'intérieur. Ce projet ayant été abandonné, Shinzon a été envoyé dans les mines de dilithium de Remus, où l'on s'attendait à ce qu'il périsse. Mais il y a survécu grâce à celui qui est devenu son vice-roi, et la créature a fini par prendre le pouvoir sur ses créateurs.
De retour sur l 'Enterprise, le capitaine tente en vain de comprendre comment il a été cloné, tandis que sur le Cimeterre Shinzon semble rongé par un mal pernicieux. Créé à partir d'une séquence d'ARN incomplète, sa survie dépend en effet des cellules qu'il entend prélever sur le seul donneur entièrement compatible : Jean-Luc Picard en personne. Il ordonne que Picard soit téléporté sur son vaisseau avant d'occulter celui-ci.
Grâce à un émetteur mis au point par Geordi La Forge, Data se substitue alors à Proto (qui constituait un appât mis en place par Shinzon afin d'attirer le capitaine Picard et de rassembler des données sur l'Enterprise) lorsque celui-ci est à son tour téléporté à bord du Cimeterre.
Data et Picard parviennent à s'échapper de justesse et à retourner sur l'Enterprise. Se rendant compte qu'ils ne sont pas de taille à affronter l'impressionnant vaisseau-amiral rémien, ils entreprennent de rassembler une flotte de bâtiments alliés de manière à arrêter Shinzon (lequel compte utiliser les mêmes radiations que celles grâce auxquelles il a tué les sénateurs romuliens pour annihiler toute vie sur Terre).
Mais Shinzon anticipe la réaction de son « modèle » : les communications sont coupées sur la passerelle de l'Enterprise et les Rémiens sont à deux doigts de remporter la victoire lorsque deux croiseurs romuliens sous les ordres du commandeur Donatra tentent de venir au secours de l'équipage de Starfleet. Le Cimeterre réussit cependant à s'en débarrasser.
La situation est désespérée, mais au dernier moment le capitaine Picard lance l'Enterprise contre le Cimeterre, ce qui neutralise le navire rémien.
En désespoir de cause, Shinzon décide d'utiliser l'arme avec laquelle il comptait anéantir la population terrienne sur le vaisseau Enterprise, mais Jean-Luc Picard et Data infiltrent le navire ennemi à temps pour l'en empêcher. Shinzon est tué dans l'affrontement et Data téléporte Picard à bord de l'Enterprise, avant de se sacrifier en détruisant le Cimeterre.
Dans une dernière scène, Picard tente d'expliquer à Proto qui était son « frère » Data avant d'accueillir son nouvel officier en second, Will Riker ayant pour sa part accepté le commandement de l'USS Titan, qui s'apprête à partir vers l'espace Romulien pour entamer des négociations.
Brent Spiner, qui incarne Data dans la saga, rencontre un jour le scénariste John Logan, alors qu'il joue dans la comédie musicale1776 à Broadway. Logan avoue alors à Spiner qu'il est un grand fan de la saga Star Trek. Spiner raconte à Logan que Rick Berman souhaite produire un nouveau film. Ils décident alors d’imaginer ensemble une histoire potentielle[3].
A New Ending (6:08) (contient des éléments de Blues Skies d'Irving Berlin)
Édition Deluxe
En , Varèse Sarabande édite Star Trek Nemesis: The Deluxe Edition, limitée à 5 000 copies[9]. Ce double album contient des titres inédits, des mixes et versions alternatives. La dernière piste "Director And Composer" est une extrait de la fin de l'enregistrement de Jerry Goldsmith avec son orchestre et le directeur Stuart Baird[10].
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