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Stéphan Studer commence à jouer au football au Grand-Lancy F.C., dont il devient arbitre officiel, fonction qu'il occupe toujours mais sous le nom de Lancy F.C. depuis la fusion entre le Grand-Lancy F.C. et le F.C. Lancy Sports. Il commence sa carrière dans l'arbitrage en 1999. Il fait son entrée comme arbitre du championnat de Suisse le . Il officie en Super League dès le , puis il est nommé arbitre international FIFA le . Il a dirigé des matchs qualificatifs pour la coupe du monde 2010 et 2014, ainsi que des matchs qualificatifs pour les championnats d'Europe de football 2012 et 2016.
