Le club fut créé en 1899 sous la dénomination de ATV Leipzig-Lindenau dont la section football devint indépendante en 1903 sous le nom de Spielvereinigung 1899 Leipzig-Lindenau.
Jusqu’en 1924, le SpVgg 1899 Leipzig-Lindenau s’adjugea trois autres titres. En 1931, le cercle remporta la VMBV-Pokal, la Coupe de la VMBV qui lui donna accès une cinquième fois au tour final du Championnat national.
Deux ans plus tard, SpVgg 1899 ne franchit pas le premier tour du tour final en étant battu (1-2), à Leipzig, sur le terrain du FC Wacker par le SpVgg Fürth, futur champion national.
Après 1925, la réforme du Championnat national permit à la VMBV d’avoir un second participant au tour final. À partir de 1927, ce viatique supplémentaire fut accordé au vainqueur de la Mitteldeutscher Pokal.
En 1933, dès leur arrivée au pouvoir, les Nazis reformèrent les compétitions et créèrent les Gauligen. Le SpVgg 1899 Leipzig-Lindenau ne fut pas retenu initialement mais parvint à monter dans la Gauliga Sachsen, en vue du championnat 1937-1938. Terminant neuvième, le cercle fut aussitôt relégué.
En 1943, le SpVgg 1899 Leipzig-Lindenau forma une association sportive de guerre (en Allemand: Krigespielgemeinschaft – KSG) avec le TuRa Leipzig pour jouer sous le nom de KSG TuRa/SpVgg Leipzig et put reprendre part à la Gauliga.
En 1945, le club fut dissous par les Alliés, comme tous les clubs et associations allemands (voir Directive n°23). Le club fut rapidement reconstitué sous la dénomination de SG Lindenau-Hafen.
Le SG Lindenau-Hafen joua jusqu’en 1948 dans la Landesliga Sachsen. L’année suivante, le club fut fusionné avec le ZSG Industrie Leipzig. À partir de 1951, le cercle redevint indépendant sous l’appellation de ZSG Industrie-Hafen. Comme toutes les équipes d’Allemagne de l’Est, le club suivit les humeurs des dirigeants communistes et changea de structures et de nom. Il fut ainsi le SG Hafen Leipzig-Lindenau puis le BSG Stahl Hafen Leipzig et le BSG Fortschritt West Leipzig.
D’un point de vue sportif, le club ne parvint à pas à s’établir dans les plus hautes divisions de la Deutscher Fussball Verband. Dans les années 1980, le cercle évolua en Bezirksliga Leipzig (3e niveau).
Depuis 1990
Après la réunification allemande, en 1990, le BSG Fortschritt West Leipzig fusionna avec le BSG Motor Lindenau pour reconstituer le Spielvereinigung 1899 Leipzig. Celui-ci resta dans la Bezirksliga Leipzig correspondant à l’époque au 5e niveau du football allemand réunifié.
Alors que la Bezirksliga Leipzig descendait dans la pyramide avec l’instauration des Regionalligen en 1994, le SpVgg 1899 Leipzig obtint ses deux meilleurs résultats avec une 4e place finale en 1995 et en 1996.
En 2002, le club termina 16e et dernier et fut relégué en Bezirksklasse Leipzig, soit le 7e niveau.
En 2010-2011, le SpVgg 1899 Leipzig évolue en 1. Kreisklasse, soit le 10e niveau de la hiérarchie de la DFB.
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