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En mars 1945, l'empire du Japon organise un coup de force contre les Français, prenant le contrôle de l'Indochine française et pressant le Việt Nam, le Cambodge et le Laos de proclamer leur indépendance. Si Bảo Đại au Việt Nam et Norodom Sihanouk au Cambodge obtempèrent, Sisavang Vong refuse de coopérer avec les Japonais et de déclarer l'indépendance. Il se trouve alors en conflit avec son Premier ministre indépendantiste, le prince Phetsarath Rattanavongsa. Ce n'est que le que le roi, sous la pression japonaise, finit par consentir à proclamer l'indépendance du Laos.
Le , après la capitulation des Japonais et alors que l'administration coloniale française a été totalement désorganisée par le conflit, Phetsarath réaffirme l'indépendance et détrône le roi. Mais, dès , il doit prendre la fuite devant le retour des troupes françaises.
Sisavang Vong retrouve son trône le en tant que souverain du royaume du Laos, avec un statut d'autonomie dans l'Union française. Le , le pays obtient son indépendance totale, mais la rébellion communiste s'amplifie. À sa mort, son fils Savang Vatthana lui succède.
