Siegfried Seidl est né à Tulln an der Donau, en Autriche-Hongrie. Après avoir terminé ses études secondaires à Oberschule, Seidl commence des études de droit. Après trois semestres, il abandonne ses études et effectue des petits travaux.
De 1935 à 1938, Seidl étudie l'histoire et des études germanistique à l'Université de Vienne et obtient son doctorat en 1941. Ce diplôme lui est retiré en 1947 après sa condamnation.
Le , il épouse Elisabeth Stieber, une enseignante travaillant à la maternelle. Elle était membre du NSDAP, de la NS-Frauenschaft et membre de soutien de la SS.
Fin 1939, Seidl est appelé au commissariat à la suite de son adhésion à la SS. À partir de , il est attaché au SS-Reichssicherheitshauptamt (RSHA) - Département IVB4 sous la direction d'Adolf Eichmann - et est envoyé à la section principale de la SS à Posen. Le , Eichmann charge Seidl pour établir un ghetto à Theresienstadt ainsi qu'un camp de concentration, en Tchécoslovaquie.
Sur ordre d'Eichmann, Seidl quitte Theresienstadt et est réaffecté comme commandant au camp de concentration de Bergen-Belsen. Il est remplacé par le SS-ObersturmführerAnton Burger.
Femmes, enfants et vieillards envoyés dans les chambres à gaz après la «sélection» à Auschwitz à l'été 1944.
En , Seidl rencontre la Wehrmacht à Budapest, où il rejoint le 5e escadron paramilitaire des Einsatzgruppe SS. En tant que chef de l'avant-poste de Debrecen, Seidl faisait partie du Sondereinsatzkommando-Eichmann (SEK). Le SEK a organisé la plus grande et la plus rapide déportation de l'Holocauste. Du au (soit 56 jours), les Allemands ont déporté 437 402 juifs de Hongrie, selon leurs archives. À l'exception de 15 000 personnes, tous ont été envoyés à Auschwitz-Birkenau, où la plupart ont été assassinés dès leur arrivée.
Enfants juifs hongrois et une femme âgée en direction des chambres à gaz d'Auschwitz-Birkenau, en mai 1944.
En , lorsque la déportation des juifs de Hongrie est terminée, Seidl est nommé chef d'action du SS Spezialeinsatzkommando. Il exploitait les juifs hongrois restants dans des camps de travaux forcés, construits à Vienne et en Basse-Autriche.
Jugement après guerre
Après la guerre, Seidl s'évade et tente de se cacher, mais il est vite arrêté et jugé à Vienne, en Autriche. Le , Seidl est condamné à mort par le Volksgericht (tribunal populaire autrichien - créé pour poursuivre les crimes de guerre nazis). La sentence est exécutée le .
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