Bien qu'ayant retenu l'attention des Red Wings de Détroit en 1998, Hnidy fait son apparition dans la LNH qu'en 2000 avec les Sénateurs d'Ottawa. Il reste avec le club jusqu'en 2004 avant d'être échangé aux Predators de Nashville où il joue neuf rencontres en saison régulière avant de prendre part à la première participation en séries éliminatoires des Preds.
Il se joint au Everblades de la Floride de l'ECHL durant le lock-out que la LNH connu durant la saison 2004-2005 puis à l'été 2005, Nashville l'échange aux Thrashers d'Atlanta en retour d'un choix de quatrième ronde. Hnidy passe deux saisons avec les Thrashers avant de signer un contrat de deux saisons, à l'été 2007, avec les Ducks d'Anaheim. Il ne joue que 33 rencontres avec eux avant d'être échangé aux Bruins de Boston en retour de Brandon Bochenski.
Après une saison supplémentaire avec les Bruins, le défenseur s'entend pour une année avec le Wild du Minnesota puis revient en 2010 à Boston. Le , après avoir remporté sa première coupe Stanley en carrière, il annonce son retrait de la compétition.
Après sa carrière de joueur, il devient analyste à la radio pour les matchs des Jets de Winnipeg[1].
; échangé par les Red Wings aux Sénateurs d'Ottawa en retour de leur choix de huitième ronde au repêchage de 2000 (les Red wings sélectionnent avec ce choix Todd Jackson).
; échangé par les Predators aux Thrashers d'Atlanta en retour de leur choix de quatrième ronde au repêchage de 2006 (les Predators sélectionnent avec ce choix Niko Snellman).
