Au
milieu du XVIIIe siècle, dans la paroisse de Conchagua, était la
propriété de San Alejo de Pedregal, endroit rocheux connu par les
indigènes comme Queiquín lenca . Ces indigènes ont dû yayantiques voisins et rivaux . Peu
de temps après une bagarre qui a eu lieu en 1771 entre ces ennemis, le
chef suprême de la province de San Miguel tire organiser une villa sur
un terrain donné par les propriétaires de la ferme . Avec la création de la municipalité de San Salvador en 1785, la ville est devenu la capitale de l'un des quinze jeux.
Le
, la Cour de Fidelity, basée à San Miguel, emprisonné et
biens confisqués Zaldivar équitable (originaire de San Alejo) et
Valentin Porras, étant les promoteurs de «idées subversives» contre les
autorités de la couronne espagnole . Ces
faits suggèrent que les deux sujets ont été les premiers à souffrir la
persécution sur le territoire de l'Amérique centrale par le pouvoir
colonial . En a également été une autre sédition suivi le mouvement d'indépendance en Novembre, mais a été étouffée. Parmi les événements Zaldivar a tenté de fuir au Honduras, mais a été emprisonné à San Miguel où il est mort.
Le , le village a reçu officiellement le titre de «ville» . En 1854, il est devenu une partie du quartier de La Union et en 1865 a été établi comme une municipalité dans le département . Le , il a obtenu le titre de «ville» sous l'administration de Francisco Dueñas . En 1890, à San Alejo autour de 2880 personnes vivaient . Rafael Zaldivar, président d'El Salvador dans la seconde moitié du XIXe siècle, est né ici .