Il revient ensuite en Tunisie et intègre l'Institut national du patrimoine (INP), où il est successivement nommé attaché de recherche en 1996, chargé de recherche en 1998, maître de recherche en 2008 puis directeur de recherche en 2012[1]. En parallèle, il est conservateur du site archéologique de Pheradi Majus, responsable du parc archéologique Carthage-Sidi Bou Saïd (2011) et responsable scientifique des sites archéologiques de Dougga et Aïn Tounga (2012)[1]. Il dirige aussi le comité tunisien des musées (rattaché au Conseil international des musées) de 2010 à 2013 et la division de l'INP chargée du développement muséographique de 2012 à 2014[1]. Également responsable de la carte nationale des sites archéologiques et des monuments historiques de Tunisie de 2011 à 2014, il est directeur de l'information et de la coordination avec les associations à l'Agence de mise en valeur du patrimoine et de promotion culturelle de 2015 à 2019[1].
Prix Serge-Lancel décerné par l'Académie des inscriptions et belles-lettres (2011)[1].
Publications
Samir Aounallah est l'auteur ou le co-auteur de très nombreux ouvrages tant scientifiques qu'à destination du grand public, parmi lesquels :
Le cap Bon, jardin de Carthage : recherches d'épigraphie et d'histoire romano-africaines, 146 a. C - 235 p. C., Bordeaux, Ausonius, , 388 p. (ISBN978-2910023263).
Thugga Dougga : ville romano-africaine de Tunisie, Sousse, Contraste, , 104 p. (ISBN978-9973878205).
Le musée archéologique de Sousse, Sousse, Contraste, , 95 p. (ISBN978-9973878557).
L'abrégé du musée national du Bardo, Sousse, Contraste, , 119 p. (ISBN978-9973878601).
Pagus, castellum et civitas : études d'épigraphie et d'histoire sur le village et la cité en Afrique romaine, Bordeaux, Ausonius, , 257 p. (ISBN978-2356133052).