Beukema inscrit son premier but en professionnel le face au Jong Ajax. Titulaire, il ouvre le score dès la première minute de jeu mais son équipe se fait finalement rejoindre au score (1-1 score final)[2]. Cinq jours plus tard, et après un début de saison remarqué, il signe son premier contrat professionnel avec le Go Ahead Eagles, étant alors lié au club pour deux saisons supplémentaires[3].
Lors de la saison 2020-2021, il contribue à la remontée du club en première division, les Eagles terminant deuxième du championnat[4].
AZ Alkmaar
En , Sam Beukema rejoint l'AZ Alkmaar, signant un contrat courant jusqu'en juin 2026. Le transfert est annoncé dès le 31 mars 2021[5].
Il fait sa première apparition en Eredivisie, la première division, face à l'Heracles Almelo, le , lors de la cinquième journée de la saison 2021-2022. Il entre en jeu à la place d'Albert Guðmundsson et son équipe s'incline par trois buts à deux[6]. Le , il inscrit son premier but pour l'AZ lors d'une rencontre de championnat face au Fortuna Sittard. Titulaire, il ouvre le score de la tête sur un service d'Owen Wijndal et son équipe l'emporte par deux buts à un[7]. Son but est par ailleurs le 2500e de l'AZ en Eredivisie[8].
Beukema inscrit son premier but en coupe d'Europe le 15 septembre 2022, à l'occasion d'un match de Ligue Europa Conférence 2022-2023 face au FC Vaduz. Titulaire, il participe à la victoire de son équipe par quatre buts à un ce jour-là[9].
Bologne FC
Le , Sam Beukema rejoint le Bologne FC. Il signe un contrat courant jusqu'en juin 2027[10].
Beukema marque son premier but pour Bologne le 11 février 2024, lors d'une rencontre de championnat face à l'US Lecce. Titulaire, il ouvre le score au bout de cinq minutes de jeu, et participe ainsi à la victoire de son équipe par quatre buts à zéro[11].
