Lily décide de rouvrir un triple homicide de l'année passée qui a eu lieu dans les bas-fonds. C'était sa dernière affaire avant d'être mutée aux affaires classées. Les victimes sont Tom et Della Lincoln, les propriétaires d'un diner et Derek Jackson, le serveur de 17 ans. Will connaissait les Lincoln. De plus, il est le parrain de leur fille, Nora. On s'intéresse à des membres de gangs du quartier car Della était l'une des rares personnes à leur tenir tête dans le ghetto.
Dana Hunter, une amie de Lily, lui demande de l'aide sur un probable meurtre. En 1943, sa grand-tante Alice Miller travaillait comme ouvrière dans une usine d'armements en pleine Seconde Guerre mondiale. À l'époque, on a cru qu'elle avait fait une chute accidentelle. Lily décide de rouvrir l'enquête à la suite du témoignage de Martha, une amie d'Alice et ancienne employée de l'usine, et après la découverte de certaines incohérences.
Une femme en instance de divorce apporte à Lily et Scotty un film datant de 1979 sur lequel on voit son mari assassiner une jeune fille. Dans les archives, ils retrouvent un dossier non-résolu de cette époque : des vêtements de femme et des pétales de roses ensanglantés avaient été retrouvés dans une poubelle, mais pas de corps. John, le présumé assassin, nie et affirme qu'il s'agit d'un canular qui a été tourné deux mois avant la mort de la jeune fille. Pour résoudre son meurtre, les enquêteurs disposent à présent de sa photo et d'un prénom : Daniela.
En 1968, lors du concert radiophonique de Johnny Cash, diffusé à la prison de Folsom, Hank Dempsey, l'un des prisonniers disparait mystérieusement. La théorie de l'époque laisse penser qu'il s'était échappé. Incarcéré pour vol, il s'était déjà échappé deux fois pour retrouver Bobbi Jean Banks, sa fiancée, mais il a toujours été rattrapé. Ses ossements viennent d'être découverts dans un ancien tunnel de cette prison. On pense d'abord à une tentative d'évasion qui a mal tourné mais Hank est mort d'une fracture du crâne. Le meurtre a dû avoir lieu dans la prison et on a voulu étouffer l'affaire.
En 1991, Sen et Channary Dhiet, un couple d'immigrés cambodgiens, sont assassinés dans leur appartement. Kara, leur fille de 5 ans à l'époque, était cachée dans la salle de bains. Aujourd'hui étudiante, elle surfait sur des sites aux enchères sur internet lorsqu'elle découvre le bracelet en or de sa mère sur l'un des sites. Lily décide de rouvrir l'enquête et découvre que Sen et Channary vivaient sous des fausses identités pour éviter la déportation et l'exécution à cause du lien qu'avait Channary avec l'ancienne famille royale.
Il y a quelques jours, le cadavre de Kathleen Gyser est retrouvé dans l'étang du diable. Elle a été noyée et des marques au feutre indélébile ont été dessinées sur son corps. Au même endroit en 1990, Rita Baxter, une fille de 12 ans, a été découverte avec les mêmes dessins sauf que sa mort est due à une chute. Le coupable du meurtre de Kathleen est arrêté, c'est Neil Beaudry, un schizophrène. On découvre aussi que Brandy, la sœur de Neil, allait dans la même classe que Rita et qu'elle la tourmentait. Le soir du meurtre, Brandy et ses deux amies avaient invité Rita à une soirée pyjama.
Artie Russo vient voir Lily pour réexaminer le meurtre de son compagnon Jeffrey Kern, retrouvé assassiné en 1983. Ce dernier, déshérité par son père à cause de son homosexualité était un activiste qui luttait pour secouer la communauté gay de Philadelphie face à l'hécatombe provoquée par le sida et obliger ses membres influents à faire pression sur le gouvernement afin de trouver des solutions pour éradiquer la pandémie. Lily décide de creuser ces deux pistes.
En 1953, Elliot Garvey, un instituteur et père de famille est retrouvé mort dans un parc, le crâne fracassé. Howard, son fils vient voir Lily pour rouvrir l'enquête sur le meurtre de son père, qui a été bâclée. Kay, sa mère, lui a toujours dit que son père était un alcoolique qui a abandonné sa famille mais il s'avère que c'était un mensonge. On découvre qu' Elliot assistait à des réunions en faveur de l'intégration et qu'à cause de ça, la plupart des gens le pensaient sympathisant communiste, ce qui a valu l'exclusion sociale des Garvey.
En 1985, Janet Lambert, âgée de 31 ans, est portée disparue après avoir décidé de porter plainte contre son mari, Leroy, pour violence conjugale. Son corps vient d'être découvert enterré dans une réserve naturelle. Elle a été tuée d'une balle de gros calibre dans la poitrine et ensuite décapitée. Par la suite huit autres corps de femmes sont découverts dans la réserve. Deux autres victimes ont été identifiées : Tina James, âgée de 14 ans, disparue en 1999 et Latrice Hicks, âgée de 50 ans, disparue en 2001. Le point commun entre elles, c'est qu'elles avaient tenu tête à un agresseur avant de disparaître.
En 2000, Greg Vizcaino, âgé de 35 ans, assistant du procureur général de New Haven est assassiné à Philadelphie. À la suite d'un scandale impliquant Harold Mott, un ancien collègue de Greg, Anna, sa veuve demande à Lily d'enquêter. Elle insiste sur le fait que les accusations désignant son mari dans une affaire de détournement de fonds sont fausses. Durant leur enquête, on apprend qu'avant de mourir, la victime instruisait un procès contre Antonio Mendez pour le meurtre de Stacy Hall, une étudiante violée et tuée durant son jogging.
En 1978, Matthew Adams, un étudiant en médecine de 20 ans, entre dans la secte de Maurice Warfield. Son père, Stuart, engage Bill Crawford, un spécialiste en déconditionnement pour l'en faire sortir. Le lendemain, Matthew est découvert mort sur le perron des Adams, empoisonné au cyanure. Bill Crawford explique l'avoir emmené dans un motel mais qu'il s'en était enfui. Aujourd'hui, Beth, la sœur de Matthew, vient voir Lily car Crawford est suspecté d'avoir causé la mort d'une jeune fille lors d'une de ses séances de déconditionnement et d'avoir maquillé cette mort en suicide. Lily décide d'enquêter.
En 1976, Jerry Stone, un jeune boxeur de 24 ans, meurt lors de son combat contre Maurice "Mad Mo" Bell, un autre boxeur. Sa mort est classée comme accidentelle. Aujourd'hui, Sonny Carroll, l'arbitre de ce combat est sur son lit de mort et demande au prêtre de parler à la police. Quand Lily et Stillman arrivent le voir, il leur avoue que quelqu'un l'a payé pour faire durer le match jusqu'à ce que Jerry reçoive assez de coups et meurt, mais il décède au moment où il allait dire le nom du coupable. Lily doit alors découvrir qui était le commanditaire du meurtre.
En 1987, Kayla Odoms, une petite fille de 6 ans, est tuée par balles dans un parc, victime collatérale d'une fusillade entre gangs d'après la police. Aujourd'hui, l'arme qui l'a tuée refait son apparition lors d'un programme d'échanges d'armes à feu contre des chaussures. C'est Jason James, un adolescent, qui a donné l'arme de son père. Ce dernier affirme qu'il l'a achetée dans un salon. La police doit retrouver le tueur en remontant le parcours de l'arme, qui a connu de nombreux propriétaires depuis toutes ces années...
En 1969, Eleanor "Ellie" McCormick, 19 ans, est retrouvée morte étranglée dans l'appartement de Warren Cousins, son petit-ami. Le soir du meurtre, Warren est parti pour le Canada, mais les autorités canadiennes ne l'ont jamais retrouvé. Aujourd'hui son père vient de mourir et Warren est revenu pour les funérailles. Il est arrêté par la police, mais nie avoir tué Ellie. Il dit qu'il a fui au Canada pour éviter d'aller faire la guerre du Viêt Nam. Ellie devait le rejoindre plus tard mais n'est jamais arrivée.
En 1993, Colin Miller, un adolescent handicapé mental est retrouvé mort sur les rails, fauché par un train. La police conclut au suicide à cause du fait que Sarah Miller, sa mère, était malade d'un cancer à l'époque. Elle y succombe quelques mois après la mort de son fils. Depuis 3 ans, quelqu'un dépose des dessins sur la tombe de Colin le jour de l'anniversaire de sa mort. Ces dessins laissent penser que Colin ne s'est pas suicidé.
En 1998, Kyle Bream, 9 ans, disparait d'un magasin de vêtements alors qu'il est parti dans les cabines d'essayages. Son corps est retrouvé un mois plus tard dans la marina de Salem Harbor, ses cheveux teints en blond. Aujourd'hui, le lieutenant Stillman est appelé par Andrew, son frère qui est prêtre. Il lui dit que Bernard "Bernie" Ganz, un de ses paroissiens s'est confessé et lui a dit avoir participé à l'enlèvement de Kyle. Bernie vient de mourir donc le prêtre s'est décidé à parler.
En 1982, Lindsay Chase est abattue dans son salon. Son mari Steven Chase, un chirurgien réputé ruiné depuis qu'il a récemment été poursuivi en justice après la mort d'un de ses patients, est rapidement soupçonné d'avoir tué Lindsay pour toucher l'argent de son assurance-vie. Arrêté et condamné pour son meurtre, il ne cesse de clamer son innocence et prétend avoir vu un homme hirsute et une femme blonde quitter sa maison le soir du crime. Aujourd'hui, on retrouve le corps de Mélanie Castle, une junkie blonde, la bague de Lindsay à son doigt...
Megan Easton, une ex petite amie de l'inspecteur Vera (à 18 ans), demande à l'équipe de rouvrir une affaire de 1995. Cette année-là, sa sœur de 32 ans, Sloane Easton est retrouvée morte sur le parking du bar où elle travaillait. La police avait conclu qu'elle s'était endormie ivre morte sur le sol et était morte de froid durant la nuit. Sloane était une alcoolique, mère de deux enfants. Megan vient voir Nick car elle a rencontré il y a quelques jours un homme du nom d' Evan. A l'époque, il était étudiant et a connu Sloane et l'a vue la nuit de sa mort. Megan pense que lui et d'autres membres de sa fraternité auraient pu agresser Sloane ce soir-là.
En 1963, le corps d'Ezekiel "Zeke" Williams, un adolescent noir de 16 ans, est découvert dans une ruelle par un groupe d'enfants. Will Jeffries était un de ces enfants. Hanté par cette affaire depuis des années, il en parle avec Lily et ils décident donc de rouvrir l'enquête. Les Williams venaient de quitter le Mississippi et s'étaient installés depuis peu dans un quartier résidentiel blanc. Zeke n'était pas très apprécié des voisins du fait qu'il militait pour les droits civiques.
En 1985, Joe Young est retrouvé mort, poignardé sur le parking d'une station-service. La police conclut à un vol qui aurait mal tourné. Aujourd'hui, Lily vient d'être contactée par James Hogan, un homme qu'elle a arrêté pour meurtre il y a un an et qui est également le neveu de la victime. Celui-ci assistait à une thérapie de groupe à la prison et Ham Dunn, un des détenus, dit avoir volé l'argent du cadavre. Donc ce n'était pas un crime crapuleux.
En 1977, Mike Cahill, un portier, est retrouvé mort étranglé sur le quai du métro. Aujourd'hui, le lieutenant Stillman est contacté par le procureur de Trenton qui l'informe que Roy Brigham Anthony, un tueur en série, va bientôt être libéré. Il avait passé un marché en 1980, avouant les meurtres dont il était accusé contre une liberté conditionnelle après 25 ans de prison. Le procureur demande à l'équipe de réexaminer des dossiers qui pourraient correspondre au mode opératoire du tueur, et le cas de Mike en fait partie...
Un camion avec des ossements humains est repêché dans le fleuve. Celui-ci daterait des années 1930. Grâce aux plaques d'immatriculation, on découvre que le camion appartenait à Curtis Collins, un contrebandier. Mais celui-ci est toujours en vie et a déclaré le vol de son véhicule en 1932. A la même époque, sa sœur, Rose Collins avait disparu donc on pense que c'est la victime. Mais il s'avère que Rose est en vie et qu'elle vit à New York et que les ossements appartiennent à une femme d'origine afro-américaine. La victime est Wilhelmina "Billie" Ducette, une jeune poétesse qui entretenait une relation avec Rose.
Un homme inconnu vient d'acheter une ancienne maison. Il décide de faire des travaux et il déterre dans le jardin 9 crânes féminins dont les orbites sont remplies d'une bille noire. De plus, en 1972, Simone Marks, la précédente propriétaire de la maison, âgée de 33 ans, y a été violée et assassinée par balles dans le grenier. On avait cru à un cambriolage qui avait mal tourné. On pense que les crânes et le meurtre de 1972 sont liés. C'est le cas car le fils de la victime de la maison est George, le tueur en série responsable du meurtre de 9 femmes, qui avait échappé à la police quelques mois plus tôt.
Dans les bois: les dessins sur les murs de sa chambre. Lily réussit à faire avouer George.
