Cette première saison est composée de 13 épisodes, l'épisode pilote ayant été découpé en deux parties.
Synopsis
Après avoir sauvé la vie du président des États-Unis, deux agents des Services Secrets sont nommés à un nouveau poste dans le sud du Dakota à Warehouse 13, un service qui abrite les objets aux propriétés surnaturelles que le gouvernement américain a collecté à travers les siècles. Le duo a alors pour mission de récupérer d'éventuels nouveaux artefacts susceptibles de mettre la population en danger.
Après de multiples enquêtes concluantes, deux agents des services secrets, Peter Lattimer dit « Pete » et Myka Bering, sont transférés dans l'entrepôt 13, bâtiment sécurisé et gardé top secret par le gouvernement. Ils font la rencontre d'Artie Nielsen, responsable de ce mystérieux entrepôt, qui leur explique qu'ils sont dorénavant cautionnaires d'objets surnaturels collectés par le gouvernement. Pour leur toute première mission, ils sont envoyés en Iowa pour enquêter sur un artéfact appartenant à un étudiant qui a agressé sa petite amie en récitant une incantation en italien.
Les deux agents, toujours dans l'Iowa, ont fort à faire avec cette nouvelle mission. Ils décident de découvrir les origines de l'artefact et de cette incantation.
Pete et Myka partent en mission à Unionville où les personnes âgées sont des vandales et les religieuses décident de se mettre à voler dans les airs, sans aile…
États-Unis : 3,3 millions de téléspectateurs (première diffusion)
Résumé détaillé
Artie court toujours après un intrus. De son côté, Claudia, qui tente désespérément de sauver son frère coincé dans une autre dimension, kidnappe Artie et l'emmène dans le labo où travaillait son frère. Artie le reconnait alors comme un de ses anciens étudiants. Il leur faut le compas de l'astronome Rheticus, avec un réglage calculé au millimètre près pour pouvoir arriver à le sortir de là.
Pete et Myka découvrent dans les décombres d'une explosion le corps d'un ancien agent de l'entrepôt 13. Par la suite Pete se fait prendre par un artefact...
Pete et Myka doivent aller à Las Vegas pour chercher un artefact qui aide un couple de jeunes joueurs à gagner, mais la mission tourne mal quand Myka se retrouve piégée dans le miroir de Lewis Carroll.
Un drame terrible survient dans une école, et le père de Myka tombe gravement malade à cause d'un artefact, peut-être un lien possible entre ces deux événements ?