À l'issue de la saison, le club est relégué en Championnat de France de football National pour la première fois de son histoire et retrouve un championnat de D3 pour la première fois depuis 1980
Coupe de la Ligue française de football
Lors de la coupe de la Ligue française de football 1997-1998, le FC Mulhouse entre en lice pour les seizièmes de finale. Le tirage au sort lui attribue le FC Girondins de Bordeaux, qui sera par ailleurs le seul club de Division 1 que le club eut à affronter dans cette compétition. La réception se fait le , devant 7 127 spectateurs. Face à un club bordelais qui finira 5e en championnat, le FCM ne fait pas le poids et s'incline sur le lourd score de trois buts à zéro. Le premier but est marqué juste avant la mi-temps, par Marc Zanotti, à la 44e. Jean-Pierre Papin alourdit le score à la 60e, avant d'être suivi à la 66e par Kiki Musampa[1]. Le FC Mulhouse est éliminé.